PERBANDINGAN GENOTYPE VIRUS SARS CoV-2 MELALUI GENOMIC SEQUENCING
Abstrak :
Coronavirus termasuk jenis virus RNA yang materi genetikna berupa RNA untai tunggal sense positif dengan ukuran 27 – 32 kb. Coronavirus termasuk dalam family Coronaviridae, yang terbagi atas Coronavirus jenis alfa, beta, delta, dan gamma. Mulai akhir tahun 2019 muncul penyakit yang disebabkan oleh salah satu jenis Coronavirus, penyakit ini disebut sebagai Coronavirus Disease 2019 (COVID-19), yang disebabkan oleh Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2). Analisis filogenetik menunjukkan bahwa SARS-CoV-2 terkait dengan dua virus corona yang ditemukan pada kelelawar bat-SL-CoVZC45 dan bat-SL-CoVZXC21, namun memiliki perbedaan yang cukup jauh dengan SARS-CoV yang menyerang manusia (70% sekuens homolog) dan terhadap Middle East Respiratory Syndrome Corona Virus (50% sekuens homolog). Analisis yang dilakukan terhadap 103 genom SARS-Cov-2 menunjukkan bahwa genom virus ini terbagi atas 2 tipe, yaitu tipe S (leluhur) dan L. SARS-CoV-2 tipe L paling banyak ditemukan pada awal Januari 2020 namun menurun di minggu akhir. Lebih jauh, data penelitian terbaru mendukung terjadinya mutasi dan rekombinasi yang berturut-turut.
Coronavirus termasuk jenis virus RNA yang materi genetikna berupa RNA untai tunggal sense positif dengan ukuran 27 – 32 kb. Coronavirus termasuk dalam family Coronaviridae, yang terbagi atas Coronavirus jenis alfa, beta, delta, dan gamma.1 Mulai akhir tahun 2019 muncul penyakit yang disebabkan oleh salah satu jenis Coronavirus, penyakit ini disebut sebagai Coronavirus Disease 2019 (COVID-19), yang disebabkan oleh Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2).2 Penyakit infeksi yang disebabkan oleh SARS-CoV-2 merupakan jenis coronavirus ke tujuh yang diketahui menginfeksi manusia; gejala berat disebabkan oleh SARS-CoV, MERS-CoV dan SARS-CoV-2; sedangkan gejala ringan disebabkan oleh virus Corona jenis HKU1, NL63, OC43 dan 229E. SARS-CoV-2 menginfeksi manusia melalui reseptor ACE2 yang banyak terdapat di saluran penapasan.
Analisis filogenetik menunjukkan bahwa SARS-CoV-2 terkait dengan dua virus corona yang ditemukan pada kelelawar bat-SL-CoVZC45 dan bat-SL-CoVZXC21, namun memiliki perbedaan yang cukup jauh dengan SARS-CoV yang menyerang manusia (70% sekuens homolog) dan terhadap Middle East Respiratory Syndrome Corona Virus (50% sekuens homolog). Genom SARS-CoV-2 mengandung 14 open reading frame (ORFs) yang mengkode 27 protein. ORF terpanjang terletak pada ujung 5’ yang mengkode 15 protein nonstructural yang terlibat dalam replikasi dan kemungkinan protein yang terlibat dalam penghindaran terhadap sistem imun. Sedangkan ujung 3’ dari genom SARS-CoV-2 mengkode protein structural maupun penunjang. Hipervariabilitas paling khas pada genom terletak pada gen spike dan ORF yang mengkode protein structural.
Screenshot :
